A história da banda começou em 1990, quando o seu líder e vocalista Shannon Hoon deixa a sua cidade natal, Lafayette - estado de Indiana - em direcção a Los Angeles, onde encontra os outros membros do grupo.
Já em 1991 Blind Melon assina um contrato de $500.000 com a Capitol Records e começa a gravar seu primeiro disco, que tinha como título o nome da banda e viria a ser lançado em Setembro de 1992.
Ainda em 1991, o amigo e conterrâneo de Shannon, nada mais nada menos do que Axl Rose, convida-o para fazer participações especiais nalgumas canções do álbum "Use Your Illusion" do Guns 'N' Roses, dentre as quais "November Rain" e "Don't Cry". Nesta última Shannon dividiu os vocais com Axl e também participou do vídeo clip, facto que mais tarde contribuiria para a divulgação do próprio projecto Blind Melon, já que o vídeo foi exaustivamente exibido pelo mundo inteiro e muita gente quis saber quem era o cabeludo a cantar ao lado de Axl.
Porém o sucesso surgiu definitivamente em 1993 com o lançamento do single e do video clip de "No Rain". Como um foguete, a música atingiu o 3º lugar na Bilboard e o disco atingiu a incrível marca de 2 milhões em poucos meses.
Em 1994 a banda foi nomeada para um Grammy nas categorias Melhor Artista Novo e Melhor Banda de Rock, mas não venceu nenhum dos dois prémios. Nesse mesmo ano ainda tocaram no Woodstock II.
Em 1995 a história da banda começa a mudar. Em Agosto foi lançado o segundo álbum de Blind Melon, "Soup", porém, a banda mal tem tempo de divulgar o novo trabalho, pois em 21 de Outubro Shannon é encontrado morto no autocarro da banda, em New Orleans, vítima de overdose de heroína. O vocalista, que já tinha sérios problemas com drogas desde os 17 anos, morreu aos 28 anos deixando uma filha de apenas 3 meses, Nico Blue.
Com pedidos e promessas de retomar as actividades, os membros da banda lançam o álbum póstumo "Nico", em homenagem à filha de Shannon, composto de versões demo e músicas que tinham ficado de fora dos álbuns anteriores. O CD tem ainda uma faixa multimédia que contem entrevistas e excertos de gravações vídeo, de entre os quais "No Rain" e "Toes Across The Floor".
Até que em 2007, acontece o que milhares de fãs pelo mundo queriam, Blind Melon está de volta, tendo lançado um novo álbum, For My Friends, em Maio de 2008. Apesar da bastante calorosa recepção a Travis Warren como novo vocalista, alguns fãs mais acérrimos banda ainda estranham o novo percurso que a banda tomou, sendo para muitos impossível ultrapassar a genuinidade e genialidade das canções escritas por Hoon. Contudo, o novo álbum tem sido bastante aclamado pela crítica e os Blind Melon já se encontram em tournée pelos Estados Unidos, cantando novos e velhos hinos para fãs de longa data e fãs que ainda agora começaram a despontar.
Em Novembro de 2008, Blind Melon anunciam a quebra de contracto com o vocalista Travis Warren, citando como principal razão uma série de episódios recentes que levaram ao cancelamento de parte da tournée americana, não se sabendo ao certo se Warren saiu por iniciativa própria ou por decisão da banda. Ambas as partes disputam a derradeira razão para a dissolução, afirmando a banda de que Warren demonstrava uma constante falta de disponibilidade, irresponsabilidade, e pouco temperamento para uma tournée intensa, pelo que Warren contra-argumentou como tendo sido vítima falta de compreensão por parte dos seus colegas. Poucos dias após o anúncio da partida de Warren, Blind Melon anunciaram que continuariam a US Tour com o vocalista Chris Shinn(ex-vocalista do projecto Unified Theory, do qual faziam parte membros de BM e um antigo baterista de Pearl Jam) contudo, foi mais tarde anunciado de que a tournée seria cancelada definitivamente devido à impossibilidade de Shinn conseguir assimilar todo o repertório com menos de uma semana de antecedência.
Foi colocado no Myspace da banda um anúncio com o objectivo de recrutar um novo vocalista, não fazendo parte dos planos uma terminante dissolução da banda. Porém, várias fontes sugerem a estadia definitiva de Chris Shinn como vocalista.